De son vrai nom Joaquin Rafael Bottom, il est le fils de deux acteurs. Ses parents font partie de la secte des Enfants de Dieu.
Il est crédité sous le nom de Leaf Phoenix dans certains films.
Dans les années 1980, il commence à travailler aux côté de sa sœur dans la série télévisée Arabesque. En 1985, il est remarqué dans son rôle de Jimmy face à Nicole Kidman dans le film Prête à tout de Gus Van Sant. Ce film le propulse dans des rôles d’adulte.
Au sommet de sa carrière en 2000, il est salué pour sa prestation dans 3 films : Gladiator de Ridley Scott, The Yards de James Gray et Quills de Philip Kaufman. Il a ainsi joué en une seule année aux côté de Russell Crowe, Mark Wahlberg, Charlize Theron et Kate Winslet.
Il prête sa voix à Kinaï dans la version originale de Frère des Ours (2003).
Il joue par deux fois sous la direction de M. Night Shyamalan, dans Signes (2002) et Village (2004).
En 2005, il reçoit un Golden Globes pour son interprétation de Johnny Cash dans le biopic Walk the Line de James Mangold.
En 2008, il annoncé mettre un terme à sa carrière cinématographique pour se concentrer entièrement à la musique. Il annonce commencer le rap et sortir son premier album prochainement. Il s’agissait en fait d’un canular, une performance de l’acteur qui jouait dans un faux documentaire : I’m Still Here. La blague a duré 2 ans !
En 2012, il retrouve James Gray dans le film The Immigrant aux côté de Marion Cotillard et Jeremy Renner.
Végan depuis ses 3 ans, il a produit le documentaire What the Health (disponible sur Netflix) qui parle de l’impact de la consommation de viande et de produits laitiers sur la santé.
En 2018, il est confirmé pour incarner le Joker dans le film éponyme de Todd Phillips. Malgré les controverses suscitées par le film, sa prestation est saluée et il reçoit l’Oscar du Meilleur Acteur en 2020.
Son frère, River Phoenix (lui aussi acteur) est mort d’une overdose, suite à une consommation abusive de drogues, dans une soirée organisée par Johnny Depp. Joaquin a lui-même fait une cure de désintoxication à l’alcool en 2005.
Joaquin devrait être de retour dans la suite de Joker, en cours de développement !
« Nous nous sentons le droit d'inséminer artificiellement une vache, et quand elle donne naissance, nous lui volons son bébé malgré ses cris d'angoisse évidents. […] Je pense que parfois on sent, ou on nous fait sentir, que nous défendons différentes causes, mais moi, je vois une communauté de points de vue. Que l’on parle d’inégalité entre les genres ou de racisme ou de droits des personnes LGBT, des personnes indigènes ou des animaux, nous parlons de la lutte contre l’injustice » – Joaquin Phoenix aux Oscars 2020